XX əsrin 30-cu illərin sonu  40-cı illərin əvvəlində bir daha aydın oldu ki, Azərbaycanda onkologiyanın inkişafına maneəçilik törədən əsas səbəblərdən biri bədxassəli şişlərin problemləri ilə məşğul olan ixtisaslaşdırılmış elmi-tibbi idarənin olmamasıdır. Bununla əlaqədar olaraq, Azərbaycan Respublikası Xalq Komissarları Soveti və Xalq Səhiyyə Komissarlığının 10 dekabr 1940-cı il 2928 saylı Qərarına əsasən Bakıda Azərbaycan Respublikası Elmi-Tədqiqat Rentgen-Radiologiya İnstitutu (ETRRİ) təşkil edilməlidir.

ETRRİ-nin Azərbaycanda rentgen-radiologiya xidmətinin inkişafında əsas rolu ilə yanaşı onkologiyanın Respublikada bir elm kimi fəaliyyətini faktiki olaraq reallaşdırmışdır. İnstitutda aparılan elmi tədqiqatların əsas istiqamətləri Respublikada bədxassəli şişlərin epidemiologiyası məsələlərinin öyrənilməsi və xərçəngin effektiv kombinə olunmuş və kompleks müalicə metodlarının işlənib hazırlanması olmuşdur.

1955-ci ildə İnstituta rəhbərlik Azərbaycanda tanınmış cərrah professor M.M.Əlikişibəyova həvalə edilmişdir. Onun təşəbbüsü ilə burada yeni elmi-kliniki və eksperimental bölmələr yaradılmışdır.

ETRRİ-nin Azərbaycanda rentgen-radiologiya xidmətinin inkişafında əsas rolu ilə yanaşı onkologiyanın Respublikada bir elm kimi fəaliyyətini faktiki olaraq reallaşdırmışdır. İnstitutda aparılan elmi tədqiqatların əsas istiqamətləri Respublikada bədxassəli şişlərin epidemiologiyası məsələlərinin öyrənilməsi və xərçəngin effektiv kombinə olunmuş və kompleks müalicə metodlarının işlənib hazırlanması olmuşdur.

1955-ci ildə İnstituta rəhbərlik Azərbaycanda tanınmış cərrah professor M.M.Əlikişibəyova həvalə edilmişdir. Onun təşəbbüsü ilə burada yeni elmi-kliniki və eksperimental bölmələr yaradılmışdır.

Kliniki və eksperimental onkologiya sahəsində mütəmadi aparılan elmi-tədqiqat işlərinin həddən ziyadə artması ilə əlaqədar 1963-cü ilin iyul ayında Azərbaycan SSR Səhiyyə Nazirliyinin əmri ilə ETRRİ adı dəyişdirilərək, Elmi-Tədqiqat rentgenologiya, radiologiya və onkologiya İnstitutu (ETRROİ) adlandırılmışdır. 1964-cü ildə İnstitutun bütün bölmələri yerləşdirilmiş yeni korpusların tikintisinin başa çatdırılması ilə əlaqədar İnstitutun keyfiyyətli kliniki fəaliyyəti və elmi tədqiqatların aparılması üçün müsbət şərait yaratmışdır.

İnstitutda yüksək ixtisaslı həkim, bioloq, mühəndislərdən ibarət kollektivin artmaqda olan fəaliyyəti ona Azərbaycanda aparıcı elmi-tədqiqat idarələrindən birinə çevrilmək imkanı verdi. İnstitutun kliniki və eksperimental bazası əhəmiyyətli dərəcədə möhkəmləşdi və zənginləşdi. 60-cı illərin ikinci yarısından başlayaraq, Moskva, Leninqrad, Kiyev və digər onkoloji institutlarla birlikdə elmi işlərin aparılmasına başlanıldı.

1974-cü ildən İnstituta rəhbərlik tanınmış rentgenoloq – Azərbaycan EA-nın həqiqi üzvü R.N.Rəhimova tapşırıldı. Bu dövr İnstitutda bədxassəli şişlərin diaqnostikası və müalicəsinin keyfiyyətinin yüksəlməsinə səbəb olan bir sıra təşkilatı struktur dəyişikliklərinin aparılması ilə xarakterizə olunur. Bir neçə il ərzində İnstitutun kliniki bazası 2 dəfədən çox artmışdır. 1980-cı ildə İnstitutun klinikasının çarpayılarının sayı 300 çatdırılmışdır. İnstitutda bədxassəli şişlərin diaqnostikası və müalicəsinin bütün müasir metodları istifadə olunur. Həmin metodların rayonlararası onkoloji dispanserlərdə tətbiq olunması işinə ciddi yanaşılır.

Elmi və praktiki onkologiyanın koordinasiyasında İnstitutun daim artmaqda olan rolunu nəzərə alıb, Azərbaycan Respublikası Səhiyyə Nazirliyi ona xərçəngin öyrənilməsi sahəsində aparıcı elmi-tədqiqat idarəsinin funksiyasını həvalə etdi və ona görə 1988-ci ilin fevral ayında İnstitut Respublika Onkoloji Elmi Mərkəz (ROEM) adını almışdır.

1990-cı ilin mart ayından bu günədək Mərkəzə direktor vəzifəsinə RF TEA-nın akademiki C.Ə.Əliyev təyin edilmişdir. Respublika çərçivəsində süd vəzisi və ağciyər xərçənginin erkən diaqnostikası üzrə skrininq proqramları işlənib hazırlanır və həyata keçirilmişdir. Bu Respublikada qeyd edilən xəstəliklərin gecikmiş halda müraciətlərini həddən artıq azaltmışdır. Eləcədə süd vəzisi xərçəngi ilə xəstələrdə orqanqoruyucu əməliyyatlar daxil olmaqla kompleks müalicə və reabilitasiya metodları işlənib hazırlanmışdır.

Yeni şişəleyhinə preparatların yaradılması sahəsində perspektivli tədqiqatlar başlamışdır. Bu məqsədlə vivariy tikilmiş və xərçəngin dərmanla müalicə metodlarının işlənib hazırlanması ilə məşğul olan yeni elmi-kliniki bölmə yaradılmışdır. 80-ci illərin sonu – 90-cı illərin əvvəlləri Mərkəzin nüfuzunun beynəlxalq elm aləmində sürətlə artmasına təsadüf edir və həm keçmiş SSRİ dövlətləri ilə, həm də Avropa və Şimali Amerika ilə elmi əlaqələrin genişlənməsinə gətirib çıxarır.

1995-ci ilin oktyabr ayında ROEM Azərbaycan Respublikası Səhiyyə Nazirliyi Milli Onkologiya Mərkəzi adını aldı. Ötən illər ərzində Mərkəzin əməkdaşları tərəfindən Respublikanın onkoloji xidmətinin strukturunun təşkili, bədxassəli şişlərin erkən diaqnostikası və xərçəngin dərmanla müalicəsinin işlənib hazırlanması və təkmilləşməsi sahəsində böyük elmi araşdırmalar aparılmışdır. Bir sıra lokalizasiyalı şişlərin orqanqoruyucu operasiyalar daxil olmaqla yeni reabilitasiya və müalicə metodlarının işlənib hazırlanması sahəsində böyük nailiyyətlər əldə olunmuşdur.

Böyük elmi potensialı və müasir maddi-texniki bazası Milli Onkologiya Mərkəzinə təkcə onkologiya sahəsində deyil, onunla həmmərz olan elmlərlə də çoxsahəli elmi-tədqiqat problemlərin öyrənilməsinə təminat verir. MOM Respublika əhalisinə göstərilən ixtisaslaşmış onkoloji yardım üzrə aparılan elmi-metodik və profilaktik işlərin koordinasiyası ilə məşğul olan əsas mərkəz funksiyasını daşıyır. Buraya professor A.T.Abbasov ad. Bakı onkoloji dispanserindən, 7 rayonlararası onkoloji dispanserlərindən (Naxçıvan, Xankəndi, Sumqayıt, Şəki, Mingəçevir, Şirvan, Lənkəran) və 100-ə qədər onkoloji kabinetlərdən onkoloji xəstəliklərlə xəstələnmiş insanların diaqnostikası və müalicəsi haqqında məlumat verilir.

MOM-da Respublika əhalisinin mütəşəkkil və qeyri-mütəşəkkil qruplarında kütləvi kompleks müayinə aparmaq üçün Səyyar Mobil Diaqnostik mərkəz yaradılmışdir ki, onun əsasını müasir tibbi texniki vəsaitlərlə  (USM, Rentgen, endoskopik, kliniki-biokimyəvi və morfoloji laboratoriya) və yüksək ixtisaslı həkimlər: mammoloq, ginekoloq, rentgenoloq və s. köməyi ilə kompleks müayinələr həyata keçirməklə əhalinin ucqar bölgələrindən olan hissəsini qisa bir müddətdir əhatə edərək, şişönü və şiş xəstəliklərinin erkən müayinədə aşkar edilərək daha dəqiq müayinə və müalicə üçün müvafiq tibb müəssisələrinə göndərilməsini tövsiyə edir.

MOM-nun əməkdaşları tərəfindən hər il əhaliyə onkoloji xidmətin təkmilləşdirilməsinə dair səyyari sessiyalar keçirilir. MOM-da Respublikanın kliniki və eksperimental onkologiya, şüa diaqnostikası və şüa terapiyası ixtisasları üzrə aparıcı mütəxəssislərinin böyük əksəriyyəti cəmləşmişdir.

70 il ərzində MOM-da “Rentgenologiya, radiologiya və onkologiyanın aktual məsələləri” (1991 ilədək) və “Onkologiya və tibbi radiologiyanın problemləri” (1994 ilədək) adlı 20 cild elmi işlər toplusu, 10-dan artıq monotematik elmi məqalələr toplusu və elmi konfransların materialları dərc edilmişdir. 1995-ci ildən Mərkəzdə təkcə Respublikada deyil, həm də Rusiya və bir sıra MDB ölkələrində artıq tanınmış və yayılan “Azərbaycan onkologiya və hematologiya jurnalı” təsis edilib və mütəmadi olaraq çap olunur.

Mərkəzin bazasında aspirantura fəaliyyət göstərir. Mərkəzdə 1993-cü ildən “onkologiya” və “şüa diaqnostikası, şüa terapiyası” ixtisasları və onlarla həmmərz olan ixtisaslarda namizədlik dissertasiyalarının müdafiəsi üzrə Dissertasiya şurası fəaliyyət göstərir. Mərkəzdə klinik ordinatura vasitəsi ilə Respublikanın praktik səhiyyəsi üçün daim ixtisaslaşmış kadrlar hazırlığı keçirilir. Onkologiya, şüa diaqnostikası və şüa terapiyası sahələrində çalışmağa qərara almış həkimlər burada internatura kursları keçirlər.

MOM azərbaycan mütəxəssislərinin əksəriyyəti hazırlıq keçmiş və hazırda da keçən Rusiya TEA-nın N.N.Bloxin ad. Onkoloji Elmi Mərkəzi ilə sıx əlaqələrini davam etdirir.

7 mart 2012- ci ildə Milli Onkologiya Mərkəzinin nəzdində  regionda birinci olan Uşaq onkoloji klinikası açılmışdır. Uşaq onkoloji mərkəzinin yaradılmasında Azərbaycan Respublikasının  birinci xanımı , Heydər Əliyev fondunun prezidenti, YUNESKO və İSESKO-nun xoşməramlı səfiri Mehriban xanım Əliyevanın  və Milli onkologiya mərkəzinin direktoru Əliyev Cəmil Əziz oğlunun böyük əməyi vardır. Hazırda Uşaq onkoloji mərkəzi regionda flaqmandır. İnstitutda  kompleks mülicənin bütün  növləri  mükəmməliklə icra edilir-kimyəvi terapiya, şüa terapiyası, cərrahi müalicə, immunoterapiya və s. Korpusda uşaq cərrahiyyə, uşaq kimyaterapiya, uşaq şüa terapiya və uşaq reanimasiya vıə anesteziologiya şöbələri fəaliyyət göstərir.

Mərkəzin ərazisində cərrahi bölmələr üçün nəzərdə tutulmuş yeni, müasir bir bina tikilib. Belə güclü maddi-texniki bazası olan korpusun yaradılması ölkəmizdə onkoloji xəstələrə göstərilən cərrahiyyə xidmətinin yaxşılaşmasına və daha da genişlənməsinə imkan verir. Mərkəzin direktoru akademik Cəmil Əliyevin səyi nəticəsində yüksək ixtisaslı cərrah-onkoloqlar cəlb edilib. Burada Rusiya, Türkiyə, Almaniya, Avstriya, İtaliya, ABŞ və digər ölkələrin tibb müəssisələrinin cərrahi  əməliyyatların həyata keçirilməsi qeyri-mümkün idi.  Ancaq yeni Cərrahiyyə korpusunun xalqımıza xidmət göstərdiyi bu 5 il ərzində tibb müəssisənin müasir təchizat səviyyəsi həm bu həm də digər cərrahi müdaxilələrin nəzərə çarpacaq dərəcədə artmasına imkan yaratmışdır.Bu korpus ən müasir tibbi avadanlıqla təchiz olunub.

2014-cü ildə isə Milli Onkologiya Mərkəzinin yeni müalicə korpusu istifadəyə verilib. Bu korpusda isə endoskopiya, invaziv diaqnostika , kimyaterapiya, ambulator kimyaterapiya, onkohematologiya şöbələri fəaliyyət göstərir.

2014-cü il Azərbaycan Respublikası Səhiyyə Nazirliyi Milli Onkologiya Mərkəzində bəd xassəli şişlərin molekulyar onkologiya laboratoriyası yaradılmışdır.

 Bu gün Milli Onkologiya Mərkəzi Azərbaycanda bədxassəli şişlərin etiopatogenezi, diaqnostikası, müalicəsi və profilaktikasına dair məsələlərin öyrənilməsi ilə məşğul olan böyük aparıcı ixtisaslaşmış elmi-tədqiqat müəssisədir.

            MOM Qafqaz ölkələri, Ukrayna, Özbəkistan və digər MDB ölkələrinin onkoloqları ilə ənənəvi elmi əlaqələrini saxlayır. MOM-nun mütəxəssisləri Türkiyə, İngiltərə, Almaniya, İsveçrə, ABŞ və bir sıra başqa dövlətlərdən olan əməkdaşları ilə bərabər müştərək elmi işlər aparırlar. Ümumdünya Səhiyyə Təşkilatı (ÜST) və xərçəng problemi ilə məşğul olan digər beynəlxalq təşkilatlarla Mərkəz arasında sıx əlaqə yaradılmışdır.

2014-cü  ildə  Milli Onkologiya Mərkəzi ilə ABŞ-ın xərçəng xəstəliyində şüa müalicəsinin aparılması üçün ən müasir texnologiyalar layihələşdirən və istehsal edən “Varian Medical Systems” şirkəti arasında əməkdaşlıq sazişi imzalandı. İmzalanan saziş Azərbaycan Milli Onkologiya Mərkəzində onkoloji xəstələrə yardımın yüksək səviyyəsinin dünyanın digər lider klinikalar tərəfindən qəbul olunmasını təsdiq edir. Saziş, eyni zamanda, tərəfdaşlar arasında əməkdaşlığın daha da genişləndirilməsinə, müasir texnologiyaların Azərbaycana daha qısa müddətdə gətirilməsinə, xarici mütəxəssislərlə geniş fikir mübadiləsi aparılmasına imkan verəcəkdir.

2014-cü il 5 noyabr tarixində Milli Onkologiya Mərkəzində şüa müalicəsinin aparılması üçün ən müasir universal “TrueBeam™ STx” aparat sistemi quraşdırılmışdır. Qeyd etmək lazımdır ki, ABŞ-da istehsal olunan “TrueBeam™ STx” aparatı bədxassəli şişlərin şüa müalicəsi üçün ən müasir universal sistemdir. Bu sistem bədxassəli şişlərin müalicəsini bütün müasir metodlarla – 2 D, 3D distansion şüa müalicəsi, İMRT, rapidarc, stereotaktik radiocərrahiyyə və radioterapiya aparılmağa imkan verir. Rəqəmsal idarə sistemi ilə idarə olunan bu avadanlıq vasitəsilə hətta 3 mm ölçüdə şişləri müalicə etmək mümkündür.

19 yanvar 2015-ci ildə Azərbaycan Respublikası Səhiyyə Nazirliyi Milli Onkologiya Mərkəzi və Belçikanın Orfit Industries  şirkəti arasında əməkdaş­lıq sazişi imzalanmışdır. Orfit Industries şirkəti dünyada şüa müalicəsundə istifa­də edilən fiksəedici avadanlıqları layihələşdirən və istehsal edən lider təş­­ki­latdır. Bu sazişlə Milli Onkologiya Mərkəzinə rəsmi olaraq beynəlxalq təd­ris və sınaq mərkəzi statusu  verilmişdir.  İmza­lanan saziş bir daha Azərbaycan Respublikası Milli Onkologiya Mər­kə­zin­də onkoloji xəstələrə yardımın yüksək səviyyəsinin dünyanın digər lider klinikalar tərəfindən qəbul olunmasını təsdiq edir